В настоящее время подготовка магистров в АГУНП на факультетах и в программе TEMPUS ведется по 34 специальностям и 49 специализациям. На уровне магистратуры к образовательному процессу привлечены 205 представителей профессорско-преподавательского состава из 25 кафедр.

В 2017/2018 учебном году в отделение магистратуры АГУНП поступили 512 студентов. Средний балл поступивших в магистратуру студентов составил 100,6 баллов.

На магистерской ступени АГУНП получают образование в общей сложности 1122 студентов. 807 магистрантов обучаются на факультетах, 276 – в программе MBA, а 39 – в программе TEMPUS. На данный момент 433 человека обучаются на первом курсе, 390 – на втором курсе, а 22 студента продолжают свое образование в повторном году обучения.

В целях создания для студентов условий учиться и работать по специальности занятия на магистерской ступени начинаются в 17:50. В 2016/2017 учебном году 72% магистрантов 1-го курса и 92% магистрантов 2-го курса работали помимо учебы. Иными словами, 80% наших магистрантов были трудоустроены.

Магистерская подготовка в АГУНП организована в соответствии с положением «О магистратуре в системе многоуровневого высшего образования», утвержденным постановлением №15 Кабинета министров от 13.02.1997 года, «Структурой требований к минимуму содержания и уровню магистерской подготовки», утвержденной приказом №235 Министерства образования от 22.04.1997 года, решением №59 коллегии Министерства образования от 18.06.2011 года «О существующих состояниях, проблемах на уровне магистратуры и пути их решения», положением «О порядке подготовки, представления и защиты магистерской диссертации», утвержденным приказом №202 Министерства образования Азербайджанской Республики от 20.04.1998 года, «Положением о специализированных Ученых советах для защиты магистерской диссертации», утвержденным приказом №742 Министерства образования Азербайджанской Республики от 10.11.1998 года, требованиями постановления №348 Кабинета министров от 24 декабря, 2013 года об утверждении «Правил организации обучения по кредитной системе на уровнях бакалавриата и магистратуры высших учебных заведений» и с другими нормативными документами.